La Biblioteca possiede oltre 12.000 manoscritti tra i quali il nucleo originario appartenuto a Teodoro Correr che ne comprende 1553. Questo patrimonio si incrementò ben presto grazie ad altri lasciti di famiglie patrizie e illustri eruditi come il bibliofilo Emmanuele Antonio Cicogna (1789-1868) che lasciò, ancora in vita, la sua ricchissima biblioteca al Museo. Di particolare pregio i fondi della Commissioni e Promissioni ducali (Classe III) , delle Leggi e Statuti e delle Mariegole delle Scuole e delle Arti Veneziane, manoscritti miniati di altissimo pregio e rarità.
Il patrimonio manoscritto della Biblioteca è accessibile attraverso strumenti per la ricerca e la consultazione: presso le sue sale sono disponibili i cataloghi a scheda; altri strumenti come indici e inventari sono consultabili su richiesta degli studiosi. Oltre alla descrizione dei manoscritti già catalogati sono consultabili on-line sul sito di Nuova Biblioteca Manoscritta i sette volumi autografi dei descrizioni e i sei di indici del Catalogo del Codici della Biblioteca di Emmanuele Cicogna, il catalogo delle Commissioni e altri strumenti di accesso alle raccolte manoscritte.