Le Gallerie dell’Accademia custodiscono un nucleo cospicuo di opere di Paolo, per la massima parte provenienti dalle spoliazioni napoleoniche di chiese e conventi veneziani. La più antica di esse è la pala già sull’altare della sacrestia della chiesa di San Zaccaria, raffigurante La Madonna col Bambino in trono adorata da Santi, dipinta poco dopo il 1564, data questa che appare nello schizzo preparatorio conservato al Museo Boymans – van Beuningen di Rotterdam. All’inizio degli anni Settanta risale invece l’ Allegoria della Battaglia di Lepanto proveniente dalla chiesa di San Pietro martire di Murano, memorativa della importante vittoria ottenuta dalla flotta cristiana, con notevole contributo di uomini e navi veneziani, contro i Turchi il 7 ottobre del 1571. Pressoché contemporanea è la grande tela raffigurante il Convito in casa di Levi, che Paolo dipinse nel 1573 per il refettorio del convento dei Santi Giovanni e Paolo: si tratta del dipinto per il quale Paolo fu processato dall’Inquisizione per sospetta eresia, venendo condannato a modificare il soggetto originale, che prevedeva una figurazione dell’Ultima cena. Splendide caratteristiche cromatiche del tutto simili caratterizzano anche la pala con il Matrimonio mistico di Santa Caterina dipinta per l’omonima chiesa veneziana verso il 1575. Dall’Ufficio del Magistrato alle Biade in Palazzo Ducale proviene il soffitto raffigurante Venezia che riceve l’omaggio di Ercole e di Cerere, databile alla metà dell’ottavo decennio; la tela aveva in origine un formato rettangolare, che è stato modificato nel corso di un restauro risalente agli inizi dell’Ottocento. Al 1578 va invece datata la grande Annunciazione proveniente dalla Scuola dei Mercanti alla Madonna dell’Orto, eseguita su commissione delle famiglie Cadabrazzo e Cottoni, di cui appaiono in alto gli stemmi. Numerose sono anche le opere della fase tarda veronesiana, tra le quali il capolavoro è la paletta con San Gerolamo penitente proveniente dalla chiesa di Santa Maria della Zirada, riferibile agli esordi del nono decennio. Sicuramente precedenti al 1582, anno in cui la chiesa venne riconsacrata, sono anche le tele provenienti da San Nicolò della Lattuga, due comparti del soffitto della navata con San Francesco che riceve le stimmate e San Nicolò riconosciuto vescovo di Mira e la grande Crocifissione che in origine decorava la cappella dedicata a San Giovanni Battista. Di notevole interesse per l’individuazione dello stile di Paolo negli ultimi anni di vita sono infine la grande Assunzione della Vergine proveniente dall’altar maggiore della chiesa di Santa Maria Maggiore, cui era stata donata nel 1584 da Simone Lando e quella proveniente dalla chiesa di Ognissanti, consacrata nel 1586, raffigurante l’Incoronazione della Vergine.